1959년 6월에 이르러서야 물리학회는 정기총회를 개최할 수 있었다. 제5회 정기총회는 1959년 6월 27―28일 양일간 고려대학교 대강당에서 개최되었다. 6월 28일에는 한국물리학회 설립 이후 처음으로 10명 이상이 연구발표를 하여 한국물리학회 발전을 위한 힘을 과시했다. 또한 이 총회에서 운영위원회와 상임위원회를 평의원회와 간사회로 그 체제를 바꿨다. 새롭게 신설된 평의원회와 간사회 체제는 물리학회를 활성화하는 데 커다란 영향을 미쳤다. 전국 각 대학의 물리학과와 연구소를 대표하는 평의원은 단체회비를 납입함으로써 학회 재정에 도움을 주는 동시에 대학이나 연구소 사이의 상호 교류를 도모하는 데 공헌하였다. 또한 학회업무를 적극적으로 주도할 간사 4명(총무, 편집, 재무, 사업)을 임명하고 이를 종합적으로 운영하는 간사회를 두어 학회 활동을 활성화시켰다. 간사회 체제로 활동력을 얻고 평의원회 체제로부터 재정적인 힘을 얻은 물리학회는 1959년의 제5회 총회를 기점으로 해서 다시 활기를 띠기 시작했다. 즉 1960년 10월에 개최된 제6회 총회에서는 8년 동안 회장직을 맡아오던 최규남이 물러나고 새롭게 권녕대가 회장이 되었다. 세대교체와 아울러 학회에도 새바람이 불기 시작했다. 예컨대 1961년에는 드디어 한국물리학회지인 「새물리」가 창간되었다.
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