1차선발

  1991년 학생선발 처음에는 전국 수학·과학 경시대회(교육부, 중앙일보사 주최)에서 입상한 학생을 국제대회에 참가시킬 예정이었으나, 여기에서 입상된 학생들은 대부분 고등학교 3학년 학생으로 다음해의 국제대회가 열리는 7월에는 대학에 진학하게 된다. 따라서 경시대회의 결과는 올림피아드 참가예정자로 적합하지 못하였다.

  전국 과학고등학교에서 성적이 우수한 학생들을 2~3명씩 추천을 받아 참가예정자로 하였다. 그러나 초기에는 참가자가 적었다. 그 이유는 대학진학 준비에 지장이 있기 때문이었다. 이런 점을 보완하기 위하여 물리담당 교사가 직접 추천에 가담 할 수 있도록 하여 입소자수를 충당하였다.

  1992년~1998년 학생선발 전국 수학·과학 경시대회의 결과를 이용하기 위하여 경시대회의 참가 범위를 중학생까지로 넓혀 중학생 입상자 30명을 선발하여 입소시켰다. 그리고 고등학교 학생도 과학고등학교의 학생만이 아니고 일반 고등학교에서도 추천을 받아서 참가시켰다. 그리하여 1992년도 여름학교 때부터는 고등학생반과 중학생반으로 운영되었다. 이러한 선발과정은 약간의 수정이 가하여지면서 1998년까지 계속되었다.

  1999년 이후 학생선발 그동안 여름학교 신규반이나 고등반의 학생은 학교장의 추천으로 충당하였고 중등반은 주로 전국 수학·과학 경시대회 중학생부 물리부문 상위입상자 중에서 대부분을 선발하였다. 그러나 1999년도부터는 수학·과학경시대회의 일정이 8월로 변경됨에 따라 경시대회를 이용할 수가 없게 되었다. 물리올림피아드 운영위원회에서는 새로운 방법으로 직접 강습예정자를 선발하기로 하였다. 전국 16개 시·도 교육청과 과학고등학교로부터 추천을 받아 시험을 거쳐 선발하기로 하였다. 1999년도에 추천받은 학생은 총 135명이며 7월 11일(일요일)에 3시간 동안 시험을 거쳐 40명을 선발하였다.

2차선발

여름학교에서 두주간의 강습이 끝나면, 각 과목의 성적과 실험의 성적을 통합하여 평가를 한다. 이 평가에서는 절대평가를 하는데 국제대회에 참가할 가망이 보이지 않는다고 판단되는 학생은 탈락된다. 겨울학교에서도 여름학교에서와 같은 형식으로 평가를 한다. 통신교육은 초기에는 매달 실시하였다. 여기에서도 계속적으로 강습을 받을 수 있는 학생을 가려내었다. 그러나 그 과정에서는 계속적인 문제 선정과 통신교육을 담당하는 대학원 학생들의 노고가 컸다.

최종선발

국제대회에 출전시킬 대표학생 선발은 토요강좌가 끝나는 시기에 실시된다. 토요강좌는 격주로 실시하는데 3월부터 5월까지 3개월 동안과 10월부터 12월까지 3개월 동안, 일년에 2회 실시한다. 최종선발은 3~5월에 실시하는 토요강좌의 마지막날에 실시하게 되어 5월말에 선발시험이 있게 된다. 선발인원은 5명이며 이들은 6월에 대표자 집중교육을 받고, 여권수속 또는 병무청 수속 등을 하고, 7월에 출국하게 된다.